La plateforme bioinformatique d'analyses des données de séquençage haut débit du CHU Dijon Bourgogne et de l'Université de Bourgogne

Une collaboration étroite avec le Centre de Calcul de l'Université de Bourgogne

Photo de serveurs de calculs

La FHU TRANSLAD s’est dotée d’une plateforme bioinformatique performante grâce à l’obtention successive de différents financements (DGOS par Plan Maladies rares 2, Région Bourgogne, CPER, FEDER). La plateforme est actuellement composée de serveurs de calcul comportant plusieurs milliers de coeurs de calcul, de serveurs de stockage dédiés au calcul atteignant une volumétrie de près de 500 To, et de serveurs de stockage pour la conservation sécurisée des données d’une volumétrie totale de 1Po.Installés au sein du Centre de Calcul de l'Université de Bourgogne, ils ont permis ainsi la mise en place d'une plateforme d'analyse standardisée  accessible par plusieurs utilisateurs en simultané et le stockage sécurisé à long terme des données de séquençage.

Face à des besoins d’efficacité et de rapidité accrue, la plateforme s’est équipée de nouveaux matériels de calcul innovant de type GPU (Graphical Processing Unit) permettant de réduire les temps de calcul d’un facteur de 2 à 17x selon le type d’analyse réalisée. Ces processeurs permettent de réaliser les analyses d’un génome complet en moins de 10 heures actuellement, et permettront d’atteindre le seuil d’une heure d’analyse d’ici quelques mois. 
Le développement de cette plateforme s'inscrit dans une démarche plus large, qui vise à regrouper les compétences locales en bioinformatique et biostatistique sous une plateforme de bioinformatique commune, BIOME, labellisée par le COS plateforme de l’Université de Bourgogne et membre de l’UMS BIOSAND labellisée par l’Inserm, afin de mieux répondre aux besoins croissants d'analyse de données massives en génomique et transcriptomique.

Les objectifs de la plateforme

  • Consolider et développer l'expertise locale en bioinformatique et biostatistique appliquée aux données produites en génomique et transcriptomique
  • Aider les équipes locales dans le cadre de projets nécessitant la production de données massives, de la conception des expériences à l'analyse et l'interprétation des données : développer l'utilisation de l'exome pour le diagnostic des patients atteints de maladies rares avec anomalies du développement
  • Servir de base à la formation d'étudiants/professionnels et à la dissémination d'outils d'analyse de données
  • Développer des outils innovants en bioinformatique pour accélérer et améliorer les analyses de données issues de SHD.

 

Responsable de la plateforme : Yannis Duffourd
 

Adresse Postale

Bâtiment B3 de l’UFR des Sciences de Santé

15 boulevard Maréchal De Lattre de Tassigny 

21070 DIJON