Développement de nouvelles approches multi-omiques pour l'identification des bases moléculaires de syndromes avec anomalies du développement

Le déploiement srGS en trio permet d’identifier les événements de novo et hérités non couverts par l’ES (régions introniques, UTRs, promoteurs, enhancers et autres séquences régulatrices) et de mieux identifier les variations de structure chromosomique ayant un impact sur la régulation de l'expression des gènes ou sur l'épissage de leurs transcrits. 

Ceci conduit à la nécessité d'approches complémentaires pour leur caractérisation moléculaire et fonctionnelle. La FHU TRANSLAD, en lien étroit avec le groupe OMICS de l’équipe UMR Inserm-UB 1231 GAD, développe des études intégratives et multiomiques progressives et personnalisées, incluant le srGS et le long-read GS (lrGS), la cartographie optique du génome, les analyses du transcriptome (RNAseq) et de l'épigénome chez des patients atteints de syndromes neurodéveloppementaux rares, pour lesquels le trio srGS est resté négatif (PPR MultiOmixCare). 

De plus, pour certains événements non détectables par le srGS standard, les technologies de séquençage haut débit long-reads (Oxford Nanopore, PacBio, 10X Genomics) ou les long-reads peuvent être réalisés. Une approche combinant ces nouvelles technologies ainsi que l'utilisation de neurones dérivés de cellules souches pluripotentes induites (iPSCs) obtenues à partir des patients pourrait permettre d'identifier et de comprendre la pertinence clinique des nouvelles variations identifiées). Le déploiement de ces technologies à la pointe de l'innovation génétique est réalisé en étroite collaboration avec le Centre National de Recherche en Génomique Humaine (CNRGH).